Оңтүстік Қазақстандағы Шардара су қоймасының зерттеген ғалымдар судың құрамында сынап, қорғасын, мырыш, мыс, хром, никель, молибден сияқты ауыр металдар барын анықтады. Олардың айтуынша, Сырдария өзенінің суы ауыл шаруашылығына да, балық өсіруге де пайдануға жарамайды екен.
Жағасында Худжанд, Сырдария, Бекабад, Шардара, Қызылорда, Байкоңыр, Қазалы қалалары орналасқан Сырдария – Орта Азиядағы ең ұзын өзен. Дарияның арнасы Тәжікстандағы Қайраққұм, Қазақстандағы Шардара және Көксарай су қоймалары арқылы өтеді. Орта Азиядағы ең ірі Сырдария өзені суының сапасына зерттеу жұмыстарын жүргізуге 2011жылы НАТООңтүстік Қазақстан мемелкеттік университетіне 600 мың еуро грант бөлген болатын. Соңғы үш жыл бойы зерттеумен айналысқан М.Әуезов атындағы ОҚМУ эколог мамандары жұмыстарының алғашқы нәтижелерімен жариялады. Зерттеу нәтижелері бойынша өзеннің суы тіпті егістікті суғаруға да жарамайтын болып шықты. Проффесор Үйлесбек Бестерековтың мәлімдеуінше, улы заттардың көп жиналған жері Өзбекстанмен шекаралас тұста екен. Бірақ Қырғызстан, Тәжікстан, Өзбекстан арқылы Қазақстанға келетін дарияның суын қай ел көп ластап жатқаны белгісіз. Егер өзен суын зиянды заттармен ластап жатқан көздерді анықтап, оны бүгіннен бастап тазалаған күннің өзінде ол енді он жылдан кейін ған пайдалануға жарамды болмақ.
Үш жыл бойы зерттеу жасаған экологтардың бұл айтып отырғаны бұрыннан белгілі жайт. Сырдария суы сапасының нашарлауы, өзен арнасының ластануы сонау КСРО кезінен басталған. Сол заманнан бастап өндірістік кәсіпорындар, коммуналдық-тұрмыстық сектор объектілері мен ауыл шаруашылығына пайдаланылған қалдықтар тазарталмай Сырдарияның арнасы мен зөен суы толтырып отыратын су қоймаларына келіп құйыла бастады. Қазақстандағы қолданбалы экология жөніндегі тәуелсіз агенттіктің бас директоры Мәлік Бүрлібаев Сырдарияның суын ушге де, егістікті суғаруға болмайтынын 2009 жылы мәлімдеген. Қызылорда облысында дарияның суымен суғарылған күріш азық ретінде жарамсыз, өйткені ол ісік ауруына шалдықтыруы мүмкін. Ас қорыту органдарының онкологиялық аурулары Қызылорда облысындағы жаңа туған балаларды жиі кездеседі, 90 пайыз ана сүтінде пестицидтер бар, дегенді Бүрлібаев бұдан алты жыл бұрын айтқан.
Сырдария бассейніндегі суармалы жердің 44 пайызы Ферғана алқабының үлесінде, орта ағыстағы 24 пайызы – шөлейт жер, 13 пайызы Шыршық-Ахангаран суармалы ауданына қарайды, дарияның жоғары ағысындағы Қарадария бассейні мен төменгі ағысындағы Арыс-Түркістан аудандарындағы суаомалы жерлер 4 пайызды ғана құрайды. Өткен ғасырдың 50-ші, 80-ші жылдарында пайдаланылған сулардың қайтадан өзен арнасына құйылуы салдарынан су құрамы минералданып, өзендегі көптеген жәндік түрлері жойылып кеткен. Сырдарияны Тәжікстандағы Соғды облысында зерттеп жүрген экономист-ғалымы Абдуваххоб Ваххобовтың мәлімдеуінше, облыста ауыл шаруашылығына пайдаланылатын судың 75 пайызынан астамы қайтарылып, 153 мың текше метр коллекторлық-дренаждық су ауыл шаруашылық дақылдарды суғаруға тағы бір рет пайдаланылады, содан кейін бұл минералданған су өзенге қайта төгіледі. Бұл өзен суының ластануына, арнаның балшықтанып бұзылуына, жағалауларға әртүрлі улы қалдықтардың түзілуіне соқтырады. Осыдан малярия, сары ауру (гепатит), іш сүзегі, асқазан-ішек аурулары таралады. Дарияның 441 шақырымын зертеген өзбек ғалымдары Ферғана алқабында судың минералдануы 400-ден 1700 мг/л ге дейін өсетінін байқаған. Осы су шардара су қоймасына келіп құяды.
Оңтүстіктен келетін Сырдарияның сыры осындай. Елімізге солтүстіктен келіп Каспийге құятын Жайық өзенін осындай экологиялық кеселден сақтау үшін Ресей мен Қазақстан келісім жасап, алдын алу шараларына кірісті. Ұзындығы 2,4 мың шақырымды құрайтын Жайық Еуропадағы Волга мен Дунайдан кейінгі үшінші орында тұр. Жайық өзенінің су ресурстары негізінен Ресей жерінде, Қазақстан тек төменгі ағысын иемденеді. Өзеннің ағыс динамикасының сараптамасына қарағанда, оның суы жыл сайын 5 шаршы шақырымға азайып барады. Бұл Қазақстанның батыс өңірінің экономикасына және Каспийдің солтүстік бөлігіне айтарлықтай экологиялық өзгерістер әкелуі мүмкін. КСРО кезінде Жайықтың ресурсын толтыру үшін Волганың суын бұру жоспары болған. Ол үшін Верхнеуральск, Магнитогорск, Ириклинск, Верхнекумакск, Қарғалы, Ақтөбе және Чернов су қоймаларының құрылысын бастамақшы болды. Өзі ағатын Волга-Жайық каналының құрылысы бастьалған, бірақ артынан тоқтап қалды. Енді осы жобаны екі жақ қайта қарамақшы.
Тағы бір ауқымды жоба – Ертіс өзенін Қазақстанға қарай бұруға әзірге Қазақстан мен Ресей жақ нақты келісе алмай жатқан сияқты. Ұзындығы 4,2 шақырымды құрайтын Ертіс өзенінің суын бұрып Сырдария мен Амударияға дейін жеткізу туралы жоба да КСРО кезінде жасалған. 2012 жылы Трансқазақстандық каналдың құрылысына қатысты Ертістің арнасын бұру мәселесі тағы қаралды. Жобаға сәйкес, бұл жаңа құрылыс алдағы 25-30 жылдың ішінде жүзеге асып қалуы мүмкін.
