Эмили Ратажковски родилась в лондонском районе Вестминстер в семье поляка и англичанки. Её мать является профессором и писательницей, Эмили характеризовала её как «феминистку и интеллектуалку». Эмили выросла в городе Энсинитас в Калифорнии. В детстве она побывала во многих частях Европы, долгое время прожив в Бантри в Ирландии и на Мальорке в Испании.
В 14 лет Ратаковски подписала контракт с модельным агентством Ford Models. Она совмещала учёбу в школе в Сан-Диего (Калифорния) с работой моделью в Лос-Анджелесе. Эмили проучилась год в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе, изучая изобразительное искусство, после чего решила полностью посвятить себя модельной карьере.
